La modificazione funzionale che le strutture nervose di chi pratica il t.a. subiscono, attraversano varie fasi:

• Stadio R o della reazione riflessa: ipotonia muscolare,iperemia periferica, regolarizzazione dei ritmi cardiaco e respiratorio.
• Fase CP o della concentrazione passiva: perfetto automatismo delle formule
• Fase N o della neutralità mentale: la mente appare tranquilla e vuota
• Fase D o della disintegrazione funzionale: fase paradossale in cui sembra che si regredisce nell’allenamento, con la ricomparsa di scariche autogene intense e non automatizzazione delle formule; è dovuta alla prevelente attività di strutture di encefaliche rispetto a quelle corticali
• Fase A.P. o dell’accettazione passiva: non è necessario ripetere le formule poiché lo stato commutativo insorge come un processo spontaneo del cervello
• Fase A. o del riordino: con gli esercizi della ripresa